Om de instandhoudingsdoelstellingen te kunnen bereiken zullen vele projecten gerealiseerd moeten worden met erg veel betrokken stakeholders. Een programmastructuur zal hierbij een houvast bieden om tot een degelijk en efficiënt management te kunnen komen.

Binnen dit thema staat de verdere uitbouw en ondersteuning van de projectwerking van het Natura 2000-programma centraal. Ook de uitbouw van lokale Natura 2000-platformen wordt gerealiseerd. Deze vormen een platform voor informatie-uitwisseling en consultatie met de stakeholders en de actoren op het siteniveau. Een interregionale stuurgroep zorgt voor de opvolging en het management van de implementatie van het BNIP. Op lange termijn zal deze stuurgroep mogelijk functioneren als een interregionale Natura 2000-contactgroep.